Bis zum Jahre 1975 befand sich das S-Bahn-Netz noch weitesgehend in dem Zustand, wie es als Folge des Baus der Berliner Mauer am 13.August 1961 entstanden war. Es existierten zwei Teilnetze, die beide von der DR betrieben wurden.
Im östlichen Netz kam es neben den grenzbedingten Streckenneubauten nur 1962 zu einer Streckenverlängerung, der Strecke Grünauer Kreuz - Flughafen Schönefeld mit 5,61 km am 26.2.1962.
Das westliche Netz hatte unter den Folgen des ausgerufenen S-Bahn-Boykotts zu leiden. Die Zahl der Reisenden ging drastisch zurück, das Netz verkam und vermittelte ein Bild der Trostlosigkeit. Das Defizit stieg bis auf 140 Mio. DM an.